Public cible
→ Licence, Master ou Doctorat en Biologie.
→ Pharmacien ou Médecin en Biologie ou Génétique médicale.
→ Ingénieurs en Biologie ou Génétique médicale.
→ Internes (Pharmacie ou Médecine) ou Stagiaires dans ces disciplines.
Objectifs
→ Introduction à l’usage de langage de programmation pour le traitement de données en biologie.
→ Analyses de données : mise en œuvre de stratégies d’analyses de données bio-médicales (alignement, filtration, annotation des variants,etc).
→ Introduction aux bases de données, outils bio-informatiques et logiciels nécessaires à l’analyse des données de biologie médicale.
→ Réglementation en santé : accréditation des nouvelles technologies NGS et bonnes pratiques cliniques.
Toutes les ressources informatiques sont disponibles à cette URL [Link]
Le langage de programmation Awk spécialisé dans la manipulation de fichiers texte [1] est très populaire au sein de la communauté bio-informatique pour la préparation des données avant leur traitement par des logiciels bio-informatiques ou bio-statistiques.
R est un langage de programmation [2] et un logiciel libre destiné aux statistiques et à la science des données soutenu par la R Foundation for Statistical Computing. Il fait partie de la liste des paquets GNU3 et est écrit en C (langage), Fortran et R. (Source: Wikipedia).
Les logiciels bio-informatiques reposent sur quelques principes fondamentaux qu'il est important de connaitre et de savoir maitriser afin de les utiliser correctement.